从棉花胚珠和纤维cDNA文库中分离了2个编码杂合的富含脯氨酸的细胞壁蛋白(hybrid proline-rich protein, HyPRP)基因,命名为GhHyPRP1和GhHyPRP2,其编码蛋白分别含有327和137个氨基酸.蛋白质结构分析表明,二者都含有: N-端信号肽区、富含脯氨酸结构域、C-端含有特定排列顺序和数目的半胱氨酸结构域.根据蛋白质结构域组成特点及与其他多结构域的富含脯氨酸蛋白质序列的同源性比较分析,将GhHyPRP1归为HyPRP A类蛋白质,将GhHyPRP2归为HyPRP B类蛋白质.RT-PCR分析显示GhHyPRP1在幼苗下胚轴中大量表达,而GhHyPRP2在胚珠中优势表达,暗示这2个基因可能分别在棉花不同组织发育中具有一定的生物学功能.