艾滋病病毒1型(HIV-1)属于单股正链核糖核酸(RNA)逆转录病毒科(Retroviridae)慢病毒亚科(Lentivirinae),其成熟病毒粒子含2个基因组,每个基因组全长约9.8kb,含3个结构基因、6个调节基因和两侧长末端重复序列.该病毒因具有高突变率、高重组率和高复制率等特点,故其基因组能快速变异,产生大量变异株,从而顺利逃脱宿主的免疫压力,致使HIV感染者/艾滋病(HIV/AIDS)患者总数日趋增多.至2003年底,全球HIV/AIDS患者总数已超过4 000万,每天仍有约1.4万人新感染HIV[1].通过对HIV-1基因片段或全长特异性扩增、测序及种系分析,可将其变异株做基因分型,这对于HIV-1监测、诊断、疫苗和药物治疗等发现具有重要的...